Der Hovawart hat seinen Ursprung in Deutschland und wurde als Gebrauchshund vor allem auf Bauernhöfen gehalten. Der Name setzt sich aus den mittelhochdeutschen Begriffen „Hova“, das alte Wort für Hof, und „Wart“, was so viel wie Wächter bedeutet, zusammen. Dies beschreibt den ursprünglichen Einsatzbereich dieser Rasse recht genau – als unbestechlicher Wächter für Hof und Habe.
Die ersten Erwähnungen des Hovawarts fanden bereits um 1275 satt. Da er als „Bauernhund“ für die höhergestellten Menschen jedoch nicht sonderlich interessant war, wurde keine einheitliche Zucht der Rasse angestrebt. Erst in den 1920er gewann der, bis dahin fast ausgestorbene, Hovawart das Interesse der Menschen zurück, allen voran das von Kurt Friedrich König, der als Begründer der Hovawart-Zucht gilt. Sein Zuchtziel lag weniger in der äußeren Erscheinung des Hundes. Stattdessen legte er Wert auf körperliche Eigenschaften wie ein wettertaugliches Haarkleid, Robustheit und einen funktionalen Körperbau. Auch die charakterlichen Eigenschaften, sowie die Wesenszüge des Hovawarts standen bei ihm im Vordergrund. Sie sollten wenig Jagdinstinkt besitzen, ihrer Familie treu ergeben sein und Intelligenz und Selbstständigkeit vorweisen. Grundlose Aggressivität und leichte Reizbarkeit dagegen waren von Anfang an unerwünscht. Da die noch vorhandene Zuchtbasis des Hovawarts zu klein war, wurden unter anderem der Deutschen Schäferhund, Neufundländer, Leonberger und der Kuvasz eingekreuzt. Die Selektion war hierbei sehr streng, da neben der Gebrauchsfähigkeit auch die Gesundheit bei der Zucht stark berücksichtigt wurde. So ist aus dem Hovawart gesundheitlich eine sehr robuste Rasse geworden, die z.B. deutlich weniger zu Hüftgelenksdysplasie neigt als die Rassen, die an der Entstehung des Hovawarts beteiligt waren. Auch in seiner sehr hohen durchschnittlichen Lebenserwartung zeigen sich die Erfolge der Rekonstruktion dieser tollen Rasse.
In Deutschland wurde die Rasse 1937 offiziell anerkannt, international im FCI jedoch erst 1964. Noch heute ist der Hovawart vor allem in Deutschland bekannt.